Президиум является постоянно действующим коллегиальным органом управления РОО АВН. Президиум подотчетен Общему собранию АВН. Президиум образуется в составе президента, первого вице-президента, вице-президентов, главного ученого секретаря, председателей отделений и других членов Президиума, численностью, определяемой Общим собранием. Формирование состава президиума осуществляется Общим собранием по представлению президента АВН. Распределение обязанностей между членами Президиума осуществляется президентом АВН. Президиум избирается на срок 5 лет.

Компетенции Президиума АВН:

• созывает Общее собрание АВН;
• утверждает планы работ Президиума AВH, положения отделений, филиалов, представительств и других подотчетных организаций AВH, заслушивает информацию об их выполнении;
• создает научные советы, научные центры (представительства), научные и научно-производственные, проектно-конструкторские организации и другие, не запрещенные законодательством РК юридические субъекты AВH;
• созывает конференции, симпозиумы и семинары по проблемам развития военной науки, организовывает конкурсы и выставки;
• контролирует правильность расходования средств АВН, организовывает и заслушивает отчет ревизионной комиссии;
• осуществляет контроль за соблюдением настоящего Устава всеми структурными подразделениями, должностными лицами и членами АВН;
• устанавливает число вакансий, перечень специальностей и порядок проведения выборов действительных членов (академиков) и членов-корреспондентов АВН, рекомендует Общему собранию АВН кандидатуры иностранных членов и президента АВН;
• избирает почетных членов АВН;
• учреждает нагрудные знаки членов АВН, научные премии, почетные звания, награды (медали) и удостоверения;
• координирует выполнение членами АВН, учеными военно-научных организаций и военных вузов ежегодного доклада по военной науке;
• рассматривает и утверждает план изданий АВН (журналы, монографии) и контролирует их выполнение;
• осуществляет иные функции по управлению деятельностью АВН, не относящиеся к исключительной компетенции Общего собрания и незапрещенные действующим законодательством Республики Казахстан.

Заседание Президиума правомочно при наличии 2/3 членов Президиума с вычетом из их списка отсутствующих по уважительным причинам (болезнь, командировки и др.). Решение Президиума принимается простым большинством голосов, а в случае равенства голосов - решением президента АВН. Заседание Президиума проводиться по мере необходимости, но не реже одного раза в три месяца.

Состав:

1. Серкпаев Мухтар Омирсерикович - доктор исторических наук, профессор, действительный член АВН, полковник запаса;
2. Джанасаев Булат Бахитжанович - кандидат военных наук, член-корреспондент АВН РК , генерал-лейтенант в отставке;
3. Халиков Дамир Касымбекович - кандидат технических наук, член-корреспондент АВН РК , генерал-майор запаса;
4. Асылов Нургали Жумажанович - заслуженный деятель Республики Казахстан, доктор социологических наук, доктор военных наук, профессор, действительный член АВН РК, генерал-майор в отставке;
5. Ахметов Жумабек Хатиоллаевич - доктор военных наук, профессор, действительный член АВН РК, генерал-майор;
6. Шарипханов Сырым Дюсенгазиевич - доктор технических наук, ассоциированный профессор, действительный член АВН РК, полковник;
7. Тауланов Сабит Сауменович - доктор педагогических наук, профессор, действительный член АВН РК, генерал-майор в отставке;
8. Мукишов Алибек Аманбаевич - кандидат военных наук, член-корреспондент АВН, полковник запаса;
9. Абраимов Досай Касымович - доктор военных наук, профессор, действительный член АВН РК, полковник в отставке;
10. Федосеев Сергей Геннадиевич - доктор политических наук, профессор, действительный член АВН, полковник запаса.